レジェンズアルセウスは、いつものポケモンと異なる部分がいくつもある。バトルでも違いは多々あるが、一番決定的なのは手持ちポケモンではなく主人公が死ぬとゲームオーバーになる点だろう。
ゲームオーバーに関して、公式では一言でしか触れていない
しかも、「調査を続けられなくなってしまう」としか書かれておらず、具体的にどうなるのかはぼかされている。主人公が死ぬとゲームオーバーになるのは、先日より解禁されたメディアによる先行プレイレポートやフラゲ情報で発覚したばかりだ。
なお、主人公のHPは数値化されず、画面脇が血のように赤くなるとピンチである。
「AmazonMusicJP」先行プレイ動画より
一方、いつものポケモンのように手持ちポケモンが全滅してもゲームオーバーにはならない。レジェンズアルセウスの手持ちポケモンは、例えるならFF10の召喚獣に近い。召喚獣がいる間は術者に攻撃は当たらず、召喚獣が死んでもゲームオーバーにならない。
そのため、いつものポケモンよりポケモンの「手下」「しもべ」感が強い。人とポケモンとの対立が強い時代なため当然である。
いつものポケモンでは、戦闘のたびに手持ちポケモンを出す必要があるが、レジェンズアルセウスは手持ちポケモンを出すことなくゲットしたり、道具を使うことができる。しかし、いつものポケモンみたく自動ではなく、狙いをつけて手動で投げる必要があり、エイム力も試されるだろう。
ボス戦は人VSポケモンの対決
ボス戦は基本的に主人公（人）VSポケモンの対決となる。ボス戦では、相手の攻撃をモンハンみたくローリングなどでかわしながら「シズメダマ」を当ててHPを削っていき、HPバーを削り切ると勝利になる。その後イベントになり、ゲットできるポケモンもいるようだ。
ボス戦でも手持ちポケモンを使うことはできるが、手持ちポケモンの攻撃でボスを倒すことはできない。手持ちポケモンの攻撃で相手のHPをゼロにすると一時的に動きを止められ、シズメダマを当てる隙が生まれるだけである。上手い人やRTAでは手持ちポケモンを使うことなくHPをゼロにすることとなるだろう。
いつものポケモンはポケモンVSポケモンで、各々のポケモンに指示する流れだったが、レジェンズアルセウスは人VSポケモンで、ウエポンの一つとしてポケモンを使うという感じだ。そのため、いつものポケモンみたくレベルを上げてゴリ押しという戦法が通用せず、アクションが苦手な人は苦戦を強いられることだろう。